On approche de la moitié du dix-huitième siècle. En 1851,"un membre du Conseil expose que le cimetière actuel (qui jouxte l’église), d’une contenance de 6 ares, est devenu insuffisant depuis quelques années, car le nombre de décès dépasse de beaucoup celui des années antérieures". Le Conseil décide qu’il y a lieu de déplacer le cimetière en vue de l’agrandissement ultérieur de l’église et d’acquérir un terrain de 12 ares (sur l’emplacement actuel du cimetière du village) pour une somme de 800 francs et d’y faire entreprendre la construction d’un mur selon un devis de 2400 francs. Le devis est accepté, pouvant être réduit, compte tenu "qu’un grand nombre d’habitants est disposé à assurer gratuitement le transport des matériaux et que la commune possède une grande partie de la chaux nécessaire à la construction du mur". Les travaux débuteront en Juillet 1852.
Le déplacement du cimetière anticipe l'agrandissement de l’église du village. Les habitants de Saint-Aupre-le-Haut, notamment ceux du Grand Vivier, très éloignés du village, vont se manifester. Ainsi, le 23 Mai 1853, Monsieur le Préfet informe Monsieur le Maire qu’il a reçu une pétition de quelques habitants demandant le déplacement
de l’église et du presbytère au centre géographique de la commune et la suspension des travaux engagés pour le cimetière".
Monsieur le Maire oppose à cette demande les conditions de la donation de 1835 qui imposent les travaux de rénovation sur l’emplacement actuel. Lequel emplacement, s’il n’est pas au centre géographique de la commune, est quasiment au centre géographique de la paroisse ( qui inclut des hameaux de Saint-Joseph-de-Rivière, de
Saint-Laurent-du-Pont et de Miribel-les-Echelles ). De plus, les travaux pour le cimetière sont quasiment terminés, et le déplacement de l'église entraînerait des frais insupportables. Le Conseil rejette la demande par 6 voix contre 4 et une abstention.
En 1854, la réparation, l'agrandissement de l'église, et la construction d'un clocher, sont décidés par le conseil. A l'origine on devait réparer et agrandir, mais grâce à une
souscription volontaire des habitants, en travaux et en argent de l'ordre de 10.000 francs, et à un rabais de 15% par l'entrepreneur, on décide de reconstruire une nouvelle
église. L'église avec son clocher, sera terminée et bénite le 28 Juin 1861.
Le montant des travaux s'élèvera à 40.000 francs soit environ 6.000 francs de plus que le devis. La commune est incapable d'assurer le financement du surcoût. Les créanciers, quelques habitants dont le Maire et l'entrepreneur, devront attendre l'année 1871 pour être remboursés au 2/3 grâce à la levée d'impôts extraordinaires pour 2.000 francs et à une subvention de 2.000 francs par le Ministre de l'intérieur et des cultes.
Mais les habitants de Saint-Aupre-le-Haut qui avaient demandé le transfert de l'église n'étaient pas restés inactifs. L'église du village est trop éloignée de leurs demeures. Ils créent en 1859, le Syndicat des Vials qui se chargera de faire construire une église et un presbytère aux frais des habitants du haut de Saint-Aupre (le clocher ne sera construit qu'en 1901). Trois ans plus tard fin 1862, l'église est ouverte au culte. En 1863 on construit un cimetière sur un terrain donné à la commune.
En 1865, le Syndicat demande à la commune l'inscription de la paroisse en succursale de celle de Saint-Aupre. Le Conseil approuve cette demande en considérant que " la Commune est séparée en 2 circonscriptions religieuses, que c'est un fait accompli, que personne n'a lieu de s'en plaindre et qu'au contraire, chacun s'y trouve bien". C'est ainsi qu’en ce milieu du dixneuvième siècle, on aurait pu baptiser notre commune Saint-Aupre-Les-Deux-Eglises.

Nos deux églises ont ensuite chacune leur histoire

Suite à la séparation des biens de l'Eglise et de l'Etat, l'église du haut fut occupée par les habitants en mars 1906. Ils voulaient s'opposer à l'inventaire des biens paroissiaux. Ils furent délogés par une Compagnie du 140ième Régiment d'Infanterie de Grenoble. Monsieur le Curé et un paroissien furent conduits en prison, puis finalement acquittés. L'église va devoir être réparée, ces réparations seront assumées par les habitants en 1964, sur l'initiative du dernier curé de la commune, le père Bossand.
Mais de nouvelles réparations sont nécessaires et à la fin des années 1980, l'église et le presbytère sont cédés à la commune qui prend désormais à sa charge leur entretien.
Au début des années 1970, le terrible incendie du 5/7 à Saint-Laurent-du-Pont, qui fit de nombreuses victimes, entraîne la création de commissions de sécurité pour les établissements recevant du public. L'église du village est déclarée non conforme aux normes par crainte d'un effondrement des murs latéraux et de la façade. Elle doit être
fermée au public. Il faudra plusieurs années pour trouver la solution pour le renforcement des façades, mais aussi les subventions pour le financement des réparations dont le montant est de l'ordre de grandeur du budget communal.
L'église sera réouverte à la fin des années 1970. Les murs sont renforcés grâce à une dalle à mi-hauteur, une cloison mobile permet de réduire sa capacité que l'on peut adapter à l'importance des cérémonies. Une superbe croix en bois est offerte par les moines de la Grande Chartreuse. On ne peut pas accéder à la dalle supérieure, sinon on découvrirait une salle magnifiquement voûtée avec les arceaux du toit de l'église……